Habilidades y poderes
Al tener un coeficiente de 300 y ser un reconocido científico que ha llegado a poner en apuros a todas las personas del mundo en más de una ocasión, se puede dar a entender que Eggman es muy poderoso.
Una prueba de su poder es que él mismo construye sus inventos sin ayuda de nadie. Además, cuenta con una gran flota de naves aéreas de gran tamaño y enormes ejércitos de robots guerreros, los cuales pueden acabar con un país entero y en muchas ocaciones ha despertado o liberado toda clase de monstruos (como Dark Gaia o Chaos) con tal de conquistar al mundo. Gracias a esto, muchos consideran a Eggman muy poderoso pero a la vez muy peligroso.
Inteligencia
Eggman es el personaje más inteligente de toda la serie. La habilidad más conocida y la más asombrosa que posee Eggman es la de crear teorías y planes muy elaborados, los cuales solo son arruinados por Sonic y sus amigos. Él es un extraordinario científico e ingeniero y una prueba de esto son las numerosas armas, robots y otros inventos mecánicos que ha creado.
Habilidades físicas
Eggman es conocido por poseer una fuerza física considerable. En Sonic Riders, Eggman es calificado como uno de los personajes del tipo Power, lo que implica que Eggman posee una gran fuerza. En este mismo juego él puede romper con facilidad pilares y estatuas de piedra. En Sonic Lost World él pudo destrozar una pared de hielo con sus manos desnudas sin esfuerzo
Como se ha visto en los endings de varios juegos, Eggman tiene una buena resistencia, llegando a aguantar mucho daño que recibe por parte de los golpes que le dan o cuando sale catapultado a largas distancias cuando una de sus máquinas o robots le explota y cae al suelo sin salir herido , incluso ha resistido golpes en la cabeza en su Eggmobile.
En Sonic Lost World , Eggman pudo resistir la caida desde Lost Hex.
A pesar de su estructura física, Eggman tiene una buena condición atlética; esto se ve en los juegos de 16 bits, donde hay una parte del juego donde Sonic lo persigue y él se las arregla para escapar de su alcance corriendo a pesar de la velocidad de Sonic que es superior. Esto lo hace para luego poder entrar o subirse rápidamente al vehículo o robot que le espera. Esta agilidad es mostrada en Mario & Sonic at the Olympic Games y en Sega Superstars Tennis. En una escena de Sonic Lost World, se le ve corriendo a la misma velocidad que Sonic pero aun asi el ha admitido que Sonic es mas rapido que el y Sonic lo llego a superar en Sonic Lost World.
Otras habilidades
Eggman ha mostrado ser bueno para mentir y engañar a los demás y esto lo combina. En los antiguos juegos, siempre se las ingeniaba para engañar a Knuckles (aunque a esto también se le atribuye el hecho de que Knuckles es muy ingenuo) y así lograba que el equidna hiciera todo lo que él le dijiera. Ha llegado a engañar incluso a Sonic en algunas situaciones.
Eggman piloteando uno de sus robots
Él es un increíble y experimentado piloto; puede esquivar misiles y lasers en su Egg Mobile con gran precisión. Estas grandes habilidades que posee solo son rivalizadas por las de Eggman Nega y Tails.
Armas
Como científico, Eggman usa tecnología avanzada para poder crear armas de toda clase. Ha llegado a crear cañones, ametralladoras, lanzallamas, pistolas de rayos laser, taladros, lanzamisiles, entre otras. A esto también se agregan los enormes vehículos y robots que ha inventado a lo largo de los juegos. La mayoría de estas armas las inventa para utilizarlas contra Sonic (y la mayoría de todas han sido destruidas por este).